Microbioma intestinal y vaginal: qué mide el análisis

Pocos temas de salud crecieron tanto en los últimos años como el microbioma. Se lo asocia con la digestión, el peso, la inmunidad, el estado de ánimo y la fertilidad, y ya se venden test que prometen mapear "tu flora" a partir de una muestra de materia fecal o de un hisopado vaginal. La biología detrás es real y fascinante. La pregunta práctica es otra: ¿qué puede afirmar hoy un análisis de microbioma y qué todavía no? Esta nota separa las dos cosas, repasa qué estudios de flora intestinal y vaginal tienen criterios diagnósticos establecidos y cuenta cómo hacer el estudio de microbioma en Laboratorio Aclimu.

Microbiota y microbioma: qué es cada cosa

La microbiota es el conjunto de microorganismos —bacterias, hongos, virus, arqueas— que habitan un sitio del cuerpo. El microbioma es ese conjunto más su material genético y el ambiente en el que vive. En el uso cotidiano los términos se intercambian, y cuando alguien habla de "hacerse el microbioma" se refiere a secuenciar el ADN presente en la muestra para estimar qué especies hay y en qué proporción.

Estas comunidades no son pasajeros silenciosos. En el intestino fermentan fibra y producen ácidos grasos de cadena corta, sintetizan vitaminas del grupo B y vitamina K, compiten con patógenos por espacio y nutrientes y educan al sistema inmune. En la vagina, los lactobacilos producen ácido láctico y peróxido de hidrógeno, que mantienen un pH bajo y desfavorable para muchos microorganismos.^1,2,3

Intestinal y vaginal: dos ecosistemas opuestos

Es un punto que se malinterpreta con frecuencia. En el intestino, más diversidad suele asociarse a mejor salud. En la vagina pasa exactamente lo contrario: la situación más estable en la edad reproductiva es una comunidad poco diversa y dominada por lactobacilos. Aplicar la lógica de un sitio al otro lleva a conclusiones equivocadas.

	Microbioma intestinal	Microbioma vaginal
Diversidad	Alta; en general se interpreta como favorable	Baja; el predominio de lactobacilos es lo habitual
Protagonistas	Cientos de especies, sobre todo de los filos Bacillota y Bacteroidota	Lactobacillus crispatus, L. iners, L. gasseri, L. jensenii
Funciones clave	Fermentación de fibra, ácidos grasos de cadena corta, vitaminas, barrera frente a patógenos	Producción de ácido láctico, pH bajo, defensa frente a infecciones
Qué lo altera	Antibióticos, dieta, infecciones, cirugías, fármacos	Antibióticos, duchas vaginales, ciclo menstrual, actividad sexual, menopausia
Muestra	Materia fecal	Hisopado vaginal

Cómo se estudia un microbioma

Hay dos tecnologías de secuenciación que conviene distinguir, porque no responden lo mismo ni cuestan lo mismo:

• Secuenciación del gen 16S rRNA: lee un único gen presente en todas las bacterias, que funciona como código de barras. Es más económica y rápida, pero suele identificar hasta el nivel de género (por ejemplo, Lactobacillus) y no distingue bien entre especies cercanas. Responde quiénes están.
• Metagenómica shotgun: secuencia todo el ADN de la muestra. Llega a nivel de especie y hasta de cepa, detecta hongos y virus, y describe además el repertorio de genes de la comunidad, incluidos los de resistencia a antibióticos. Responde quiénes están y qué pueden hacer. Es considerablemente más cara y compleja de interpretar.

Existen además métodos dirigidos —PCR cuantitativa para un grupo definido de bacterias— que no "mapean" todo el ecosistema, sino que miden unos pocos objetivos concretos. En el terreno vaginal, este enfoque es el que más se acerca a un uso clínico real.

Por qué "disbiosis" todavía no es un diagnóstico

Acá está el nudo del asunto. La palabra disbiosis se usa para nombrar un desequilibrio de la microbiota, pero una revisión publicada en Gut en 2024 señala que el término vincula desequilibrios microbianos con enfermedades crónicas sin precisión ni una definición operativa, y que ni siquiera hay acuerdo sobre qué es un "individuo sano" a la hora de establecer el patrón de referencia.¹ Dicho de otro modo: no existe hoy un "microbioma normal" con valores de referencia, como sí lo hay para la glucemia o el colesterol.

A eso se suma un problema técnico. Un informe de consorcio europeo publicado en Microbiome repasa los desafíos analíticos, éticos y regulatorios de los test de microbioma: el resultado depende fuertemente de cómo se tomó y conservó la muestra, qué kit de extracción se usó, qué región del 16S se amplificó y con qué base de datos se compararon las secuencias.⁶ Dos laboratorios distintos pueden devolver perfiles diferentes de la misma muestra. Sin estandarización, comparar tu resultado contra una "población de referencia" tiene un valor limitado. Por eso importa tanto dónde se procesa la muestra —con protocolos estandarizados y control de calidad— como quién interpreta el informe.

Nada de esto invalida la ciencia del microbioma, que es sólida y está produciendo hallazgos importantes sobre metabolismo, inmunidad e inflamación.² Lo que dice es algo más acotado y más útil: la evidencia todavía no alcanza para que un perfil de microbioma se traduzca en un diagnóstico o en una indicación de tratamiento individual.

Dónde el microbioma sí cambió la práctica clínica

Hay un caso donde intervenir sobre la microbiota tiene respaldo firme: la infección recurrente por Clostridioides difficile. La guía de práctica clínica de la American Gastroenterological Association publicada en Gastroenterology en 2024 recomienda las terapias basadas en microbiota fecal en adultos inmunocompetentes con infección recurrente, mientras que no las recomienda fuera de ensayos clínicos para enfermedad inflamatoria intestinal ni para síndrome de intestino irritable.⁴ Esa distinción resume bien el estado del arte: una indicación probada y muchas hipótesis en estudio.

El microbioma vaginal: qué muestra la evidencia

El trabajo de referencia sobre el tema es el de Ravel y colaboradores, publicado en PNAS en 2011: se caracterizó el microbioma vaginal de 396 mujeres asintomáticas de cuatro grupos étnicos y las comunidades se agruparon en cinco patrones (los llamados community state types). Cuatro estaban dominados por Lactobacillus iners, L. crispatus, L. gasseri o L. jensenii; el quinto tenía menor proporción de bacterias lácticas y más anaerobios estrictos. Y todas eran mujeres sin síntomas. El pH vaginal promedio también difería entre grupos étnicos, desde 4,2 hasta 5,0.³

La conclusión práctica es clara: no hay un único perfil vaginal "correcto". Un informe que enumere bacterias y marque desvíos respecto de un promedio puede estar señalando una variante normal. Sí hay asociaciones consistentes entre determinados perfiles y desenlaces clínicos —por ejemplo, una revisión sistemática con metaanálisis en red publicada en BJOG encontró que las comunidades con baja proporción de lactobacilos se asocian con mayor prevalencia de HPV y displasia cervical—,⁷ pero asociación poblacional no equivale a predicción individual.

Para el problema concreto más frecuente, la vaginosis bacteriana, las guías de tratamiento de infecciones de transmisión sexual de los CDC (2021) mantienen criterios diagnósticos establecidos: los criterios clínicos de Amsel, la puntuación de Nugent en el extendido con tinción de Gram y, cuando corresponde, ensayos moleculares validados para ese fin específico.⁵ Ninguno de ellos es un perfil de microbioma por secuenciación.

Qué preguntas puede responder cada estudio

Pregunta	¿Lo responde un perfil de microbioma?	Qué se usa hoy
¿Qué germen me está causando esta diarrea?	No	Coprocultivo, parasitológico, toxina de C. difficile, panel molecular gastrointestinal
¿Tengo vaginosis bacteriana o candidiasis?	No	Examen en fresco, Gram con score de Nugent, criterios de Amsel, cultivo de flujo
¿Tengo una infección de transmisión sexual?	No	PCR específica y cultivos dirigidos
¿Qué alimentos o suplementos "me convienen" según mi flora?	No, sin evidencia suficiente	Evaluación nutricional clínica
¿Cómo se compone mi comunidad microbiana?	Sí: es exactamente lo que responde, con las limitaciones metodológicas descritas	Estudio de microbioma por secuenciación (16S o metagenómica), interpretado por un profesional

Lo que sí podés hacer por tu microbiota

Más allá de lo que muestre el análisis, las medidas que favorecen a estas comunidades están bastante consensuadas y no requieren ningún test previo:

• Fibra y variedad vegetal: legumbres, frutas, verduras, granos enteros y frutos secos son el sustrato de las bacterias que producen ácidos grasos de cadena corta.
• Alimentos fermentados: yogur, kéfir y vegetales fermentados aportan microorganismos vivos y ácidos orgánicos.
• Uso prudente de antibióticos: son indispensables cuando están indicados, e innecesarios cuando la causa es viral. Un diagnóstico microbiológico preciso ayuda a evitarlos, como contamos en la nota sobre diagnóstico molecular por FilmArray.
• En la vagina, menos es más: las duchas vaginales y los antisépticos alteran la flora protectora. La higiene externa con agua es suficiente.
• Sueño, movimiento y manejo del estrés: influyen sobre la composición y la función de la microbiota intestinal.

En Laboratorio Aclimu

En Laboratorio Aclimu (Marcelo T. de Alvear 2337, Recoleta, CABA) realizamos el estudio del microbioma intestinal (sobre materia fecal) y del microbioma vaginal (sobre hisopado vaginal) por secuenciación. El informe describe la composición de la comunidad microbiana —qué grupos y especies están presentes y en qué proporción— y se entrega para ser interpretado por tu médico, ginecóloga o nutricionista, con las limitaciones que explica esta nota: es una herramienta descriptiva y complementaria, no un diagnóstico en sí misma. Como estudio de alta complejidad, no es de toma directa: hay que comunicarse con el laboratorio para coordinar el turno, las condiciones de la muestra y el presupuesto.

Cuando la pregunta es concreta —qué germen causa una diarrea, si hay vaginosis o candidiasis, si hay una infección de transmisión sexual—, lo indicado siguen siendo los estudios con criterios diagnósticos establecidos, que también realizamos:

• Estudios de materia fecal: coprocultivo, parasitológico seriado y detección molecular de patógenos gastrointestinales.
• Estudios ginecológicos y urológicos: cultivo de flujo, urocultivo con antibiograma y estudios dirigidos según el cuadro.
• Paneles de ITS por PCR: podés verlos en infecciones de transmisión sexual, con opciones de 5 patógenos por PCR en mujer y equivalentes para hombre.
• Chequeo general: el contexto metabólico e inflamatorio se evalúa con los análisis clínicos generales.

Si no sabés cuál corresponde a tu caso, escribinos y lo vemos con nuestro equipo junto con la indicación de tu médico.

Preguntas frecuentes

¿Qué es el microbioma y en qué se diferencia de la microbiota?

La microbiota es el conjunto de microorganismos (bacterias, hongos, virus) que viven en un sitio del cuerpo, como el intestino o la vagina. El microbioma es ese conjunto más su material genético y su entorno. En la práctica los dos términos se usan casi como sinónimos, y los estudios que se ofrecen como "test de microbioma" analizan el ADN de esos microorganismos para estimar qué especies están presentes y en qué proporción.

¿Un análisis de microbioma sirve para diagnosticar una enfermedad?

No por sí solo. Todavía no existe una definición consensuada de "microbioma sano" ni puntos de corte validados que permitan afirmar que un patrón determinado causa una enfermedad. El estudio describe la composición de tu comunidad microbiana y es un complemento valioso para el profesional que te atiende, pero no reemplaza a los estudios con criterios diagnósticos establecidos ni sirve para autoindicarse suplementos o dietas.

¿Qué diferencia hay entre secuenciación 16S y metagenómica?

La secuenciación del gen 16S rRNA lee un solo gen presente en todas las bacterias y permite identificarlas, en general, hasta el nivel de género: es más barata y responde "quiénes están". La metagenómica shotgun secuencia todo el ADN de la muestra, llega a nivel de especie y cepa y además informa qué funciones y genes de resistencia hay: responde "quiénes están y qué pueden hacer". Es bastante más cara.

¿Qué es un microbioma vaginal normal?

En la mayoría de las mujeres en edad reproductiva predominan los lactobacilos, que producen ácido láctico y mantienen el pH vaginal bajo. Pero no hay un único patrón normal: el trabajo de referencia de Ravel describió cinco comunidades distintas en mujeres asintomáticas, y una de ellas tiene pocos lactobacilos y más anaerobios sin que eso implique enfermedad. Por eso el diagnóstico se hace con síntomas y estudios validados, no con un ranking de bacterias.

¿Qué estudios sí tienen validez para evaluar la flora intestinal o vaginal?

Para el intestino, el coprocultivo, el parasitológico, la toxina de Clostridioides difficile y los paneles moleculares de patógenos gastrointestinales. Para lo vaginal, el examen en fresco y el cultivo de flujo, el pH vaginal y los estudios por PCR de patógenos de transmisión sexual. Todos responden preguntas concretas con criterios diagnósticos establecidos.

¿Se puede hacer el estudio de microbioma en Laboratorio Aclimu?

Sí. Realizamos el estudio del microbioma intestinal (sobre materia fecal) y del microbioma vaginal (sobre hisopado vaginal) por secuenciación. El informe describe la composición de la comunidad microbiana y se interpreta junto con tu médico o nutricionista como herramienta complementaria. No es de toma directa: hay que comunicarse con el laboratorio para coordinar el turno, las condiciones de la muestra y el presupuesto.

Referencias

1. Gut (Van Hul M et al.). What defines a healthy gut microbiome? (2024). pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/39322314
2. Nature Reviews Microbiology (Fan Y, Pedersen O). Gut microbiota in human metabolic health and disease (2021). pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32887946
3. PNAS (Ravel J et al.). Vaginal microbiome of reproductive-age women (2011). pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/20534435
4. AGA (Gastroenterology, Peery AF et al.). AGA Clinical Practice Guideline on Fecal Microbiota-Based Therapies for Select Gastrointestinal Diseases (2024). pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/38395525
5. CDC (MMWR Recomm Rep, Workowski KA et al.). Sexually Transmitted Infections Treatment Guidelines, 2021 (2021). pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34292926
6. Microbiome (Rodriguez J et al.). Microbiome testing in Europe: navigating analytical, ethical and regulatory challenges (2024). pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/39695869
7. BJOG (Norenhag J et al.). The vaginal microbiota, human papillomavirus and cervical dysplasia: a systematic review and network meta-analysis (2020). pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31237400

Este artículo fue revisado por el equipo bioquímico de Laboratorio Aclimu. La información tiene fines orientativos y no reemplaza la consulta con tu médico o profesional de la salud.