Microbioma intestinal y vaginal

La microbiota es el conjunto de bacterias, hongos, virus y arqueas que habitan un sitio del cuerpo; el microbioma es esa comunidad más su material genético y el ambiente en el que vive. En el uso cotidiano los términos se intercambian, y cuando alguien habla de hacerse el microbioma se refiere a secuenciar el ADN presente en una muestra para estimar qué microorganismos hay y en qué proporción.

Estas comunidades no son pasajeros silenciosos. En el intestino fermentan fibra y producen ácidos grasos de cadena corta, sintetizan vitaminas, compiten con patógenos y educan al sistema inmune. En la vagina, los lactobacilos producen ácido láctico, que mantiene un pH bajo y desfavorable para muchos microorganismos. Antibióticos, dieta, infecciones, ciclo menstrual, actividad sexual y menopausia modifican su composición.

Intestino y vagina son ecosistemas opuestos y conviene no aplicar la lógica de uno al otro. En el intestino, una diversidad alta suele leerse como favorable. En la vagina, la situación más estable en edad reproductiva es una comunidad poco diversa dominada por lactobacilos. Por eso cada informe se interpreta con criterios propios de su sitio.

Extraemos el ADN de la muestra y amplificamos la región V3–V4 del gen 16S rRNA, un gen presente en todas las bacterias que funciona como código de barras. Las secuencias se obtienen en un secuenciador Illumina en un centro de servicios especializado, en lotes, y el análisis bioinformático y la interpretación se hacen en nuestro laboratorio con un procedimiento estandarizado y documentado.

El procesamiento identifica variantes de secuencia exactas (ASV) con el algoritmo DADA2, les asigna taxonomía contra la base SILVA y, cuando la región lo permite, refina la especie por alineamiento contra cepas tipo de NCBI. La especie solo se nombra con identidad igual o mayor al 99 %; si varias especies son indistinguibles en V3–V4, el informe lo dice en lugar de adivinar. La interpretación sigue reglas fijas: la misma composición produce siempre el mismo texto.

El 16S tiene límites que el informe deja explícitos: informa abundancias relativas de bacterias, no detecta hongos, parásitos ni virus, no distingue cepas ni toxinas y no reemplaza a un cultivo o a una PCR cuando la pregunta es una infección concreta. Un resultado reproducible exige también cuidar la toma y la conservación de la muestra, por eso las indicaciones de preparación importan.

El informe describe la composición bacteriana de la materia fecal a nivel de filo, familia y género, con la especie cuando el método lo permite, y la diversidad de la comunidad (riqueza e índices de Shannon y Simpson). Destaca géneros de interés clínico, como Faecalibacterium y Roseburia (productores de butirato), Akkermansia, Bifidobacterium, Bacteroides y Prevotella, con una nota sobre lo que la evidencia asocia a cada uno y sobre lo que todavía no está establecido.

Incluye además un panel explícito de bacterias potencialmente patógenas (Clostridioides, Salmonella, Campylobacter, Escherichia/Shigella, Yersinia, Vibrio, Klebsiella y Helicobacter) que se informa siempre, detectado o no detectado. La detección por 16S no es diagnóstica: no identifica cepas toxigénicas ni distingue colonización de infección, y un no detectado no excluye una infección. Ante sospecha clínica, lo indicado es el coprocultivo o una prueba molecular dirigida.

Siguiendo el consenso internacional sobre tests de microbioma publicado en 2025, el informe no incluye la relación Firmicutes/Bacteroidetes, índices de disbiosis ni recomendaciones de dietas o suplementos: no hay hoy un microbioma intestinal de referencia con el que comparar a una persona, y ese tipo de conclusiones no tiene respaldo suficiente. La muestra fecal, además, no refleja necesariamente la microbiota adherida a la mucosa intestinal. Lo que sí entrega es una descripción detallada y reproducible para que un profesional la interprete en contexto.

El informe clasifica la comunidad en un tipo de estado comunitario (CST I a V) con el algoritmo VALENCIA, el método de referencia derivado del trabajo de Ravel y colaboradores que describió los patrones habituales en mujeres asintomáticas. Cuatro de esos patrones (CST I, II, III y V) están dominados por una especie de Lactobacillus (L. crispatus, L. gasseri, L. iners o L. jensenii) y el restante, el CST IV, es más diverso, con menos lactobacilos y más anaerobios, sin que eso implique enfermedad por sí mismo.

Además del CST, el informe detalla los lactobacilos por especie y un panel de microorganismos de interés que se informa siempre: bacterias asociadas a vaginosis bacteriana (Gardnerella, Fannyhessea, Prevotella, Sneathia, Megasphaera, BVAB1, BVAB2, BVAB3, Mobiluncus, Mycoplasma hominis), bacterias asociadas a vaginitis aeróbica (Streptococcus agalactiae, Enterococcus, Escherichia, Klebsiella, Staphylococcus) y micoplasmas genitales. Para las bacterias de transmisión sexual la sensibilidad del método no está validada: un no detectado no excluye la infección.

La secuenciación no es el método recomendado para diagnosticar vaginosis bacteriana ni candidiasis. Las guías vigentes mantienen criterios diagnósticos establecidos (criterios de Amsel, puntuación de Nugent, cultivo de flujo y pruebas moleculares validadas para ese fin). Por eso el estudio se entrega como herramienta descriptiva y complementaria, para que tu ginecólogo/a lo integre con tus síntomas y el resto de los estudios.

Tiene sentido cuando vos y tu profesional quieren conocer la composición de la comunidad bacteriana como complemento de la evaluación clínica: por ejemplo, para documentar el estado basal antes de un cambio de alimentación, un tratamiento prolongado o el uso de probióticos, y volver a medir después; o cuando la ginecóloga quiere saber si predomina L. crispatus o L. iners en una paciente con molestias recurrentes sin un diagnóstico claro.

No es el estudio indicado cuando la pregunta es una infección aguda. Para una diarrea, lo que corresponde es el coprocultivo, el parasitológico, la toxina de Clostridioides difficile o un panel molecular gastrointestinal. Para flujo con síntomas, el examen en fresco, el cultivo de flujo y el pH vaginal. Para una infección de transmisión sexual, la PCR específica. Todos esos estudios también los realizamos y responden con criterios diagnósticos establecidos.

Tampoco sirve para elegir dietas o suplementos por cuenta propia: un perfil de microbioma no indica qué alimentos te convienen. Las medidas que favorecen a la microbiota (fibra y variedad vegetal, alimentos fermentados, uso prudente de antibióticos, sin duchas vaginales) están bien establecidas y no requieren ningún test previo.

Microbioma vaginal: la muestra es un hisopado vaginal que toma el personal del laboratorio con turno; dura menos de un minuto y no duele. Se toma fuera del período menstrual, con 72 horas sin relaciones sexuales, óvulos, cremas, duchas vaginales ni antisépticos. No requiere ayuno.

Microbioma intestinal: antes del turno retirás en el laboratorio un kit con un frasco estéril e instrucciones. Recolectás la muestra en tu casa, la conservás en la heladera y la entregás dentro de las 24 horas, en el horario de tu turno. No requiere ayuno ni cambios en la dieta.

Las muestras se secuencian por lotes y el informe se entrega en 20 a 30 días hábiles en el portal de resultados online. Si tomaste antibióticos, antimicóticos, laxantes, enemas, probióticos u omeprazol (y similares) en las semanas previas, avisanos: el estudio se hace igual, pero queda registrado porque modifican la microbiota y es un dato que tu profesional necesita para interpretarlo.